Förderschwerpunkt: Alle

Name: Winter, Peter
Institution: GenXPro GmbH
Adresse: Altenhöferallee 3, 60438 Frankfurt
Telefon: 069-95739602
Fax: 069-95739706
E-Mail: pwinter@genxpro.de
Partner: Werden gesucht

Digitale Transkriptionsprofilierung von Nutztieren mit dem SuperTag-Verfahren

Das SuperTAG-Verfahren der GenXPro GmbH ist die derzeit effizienteste und genauste Methode zur quantitativen Analyse der gesamten Genaktivität eukaryontischer Organismen. Analog zu „Serial Analysis of Gene Expression (SAGE, 14bp Tags (1)) und dem Vorläufer-Verfahren SuperSAGE (2) quantifiziert SuperTag die Anzahl kurzer (26bp lange SuperTags), definierter Abschnitte von cDNAs in der cDNA-Population. Im Gegensatz zu Microarrays ermöglich das Verfahren aufgrund seiner offenen Architektur die Entdeckung neuer Gene und die Analyse von Organismen, deren Genome nicht oder nur wenig bekannt sind. SuperTAG erlaubt die Quantifizierung sehr seltener mRNAs (z.B. von Tranksriptionsfaktoren), unterscheidet zwischen mRNAs verschiedener Mitglieder von Genfamilien und deren splicing-Isoformen, und entdeckt und quantifiziert differentiell exprimierte Antisense-Transkripte.
Zudem lassen sich - als Novität - die Transkriptome interagierender Organismen (z.B. Wirt und Parasit) gleichzeitig in Ihrem Wechselspiel in natürlicher Umgebung untersuchen und Strategien zur Kontrolle der Pathogene entwickeln (1). Für die eQTL-Kartierung und das Screening von Germplasm können SuperTags von differentiell exprimierten Transkripten sofort auf Micro-Arrays aufgebracht werden (3), lassen sich sofort für Funktionsanalysen via RNAi einsetzen und ermöglichen die Erstellung von full-length cDNAs durch 3’-und 5’-RACE (4). SuperTag erzeugt quasi digitale, Datenbank-fähige Daten, die zwischen verschiedenen Experimenten vergleichbar sind.
SuperTag wird zurzeit für die Analyse der Wirkung von Medikamenten und die Analyse der kompletten Organogenese bei Mäusen eingesetzt (5).
GenXPro bietet als Patentinhaberin SuperTag als Service an. Aufgrund der genannten Vorteile (neue Gene, unbekannte Genome, hohe Sensitivität) sehen wir in der Tierzucht besonders großes Potential für diese Technik und würden uns freuen, zusammen mit Partnern dieses Potential nutzbar zu machen. Referenzen: (1) Velculescu et al. 1995, Science 270, 484 ff; (2) Matsumura et al. 2003, PNAS 100: 15718 ff; (3) Matsumura et al. 2006, Nature Methods 3:469 ff; (4) Coemanns et al. 2005, Theor Appl Genet 111:1118 ff, (5) http://www.genomebc.ca/research_tech/research_projects/health/.